Mircea Cojocaru a fost antrenor secund la Universitatea Cluj în perioada în care principal pe banca tehnică era Adrian Falub. Este unul dintre oamenii care au reformat Centrul de Copii și Juniori la începutul anilor 2000. Mircea Cojocaru a reușit să câștige titlul național la juniori U19 cu generația din care făceau parte fotbaliști precum Răzvan Cociș, Dorin Goga, George Florescu sau Dan Codreanu.
Noul antrenor a mai pregătit prima echipă a Universității Cluj timp de aproape un an, în sezonul 2003-2004, iar, apoi, l-a secondat pe Ioan Ovidiu Sabău la mai toate echipele pe care „Moțul” le-a antrenat în carieră.
